此次中科院机关科研管理改革后，各部门分别按照科研业务管理、综合职能管理两个序列设立。组建设置前沿科学与教育局、重大科技任务局、科技促进发展局3个科研业务管理部门;同时对原综合职能部门进行整合，经过调整或更名后新出现的综合部门包括学部工作局、发展规划局、条件保障与财务局、人事局、科学传播局等。改革坚持“一件事情一个部门负责”的原则，优化院机关管理职能，完善科研管理组织体系、管理模式和运行机制，扩大研究所和科研人员创新自主权，进一步释放和激发创新活力。
中科院党组成员、秘书长邓麦村介绍，此次改革的指导思路是，以理顺关系、简政放权、强化协同、提高效能为着力点，“建立以科技创新价值链和学科领域两个维度构成矩阵式管理模式”;目标是改变原有的思维定式和工作惯性，“抓大事、议长远、谋全局、促进学科交叉融合”。
他表示，以往中科院机关的科研业务管理部门既有按照学科的模式，又有按照工作性质的模式来设置，职能交叉、条块分割现象比较严重，研究所按条块划分、经费切块管理，带来经费分配、项目组织等方面诸多问题。此外，在综合管理方面，一些管理职能分割过细、线条过多，界面不清晰，设置不尽合理，导致一些管理工作陷于具体事务，很多专项工作需要各部门共同参与，统筹协调难度大、成本高、效率低，难以有效进行长远的战略谋划。
邓麦村强调，这次改革进一步扩大了研究所和科研人员的创新自主权。明确了研究所凡是在国家法律法规和院规定的政策范围内自己能做的事，都可以放手去做，研究所和其他院属单位需要提请院机关协调解决的问题，按工作性质与对应职能的机关管理部门做好对接，从而进一步理顺了院所两级管理体制，进一步释放和激发中科院创新活力。
此次中科院机关改革是近年来改革力度ZUI大的一次，改革后，机关部门和内设处室数量、局处级岗位设置和机关编制都有所减少，同时取消以前超编的非实职局级领导序列。
